面粉经发酵制成馒头更容易消化和吸收，牛奶发酵制成酸奶也具有相似效果。发酵过程中，奶中的糖和蛋白质会被分解成约20%的小分子，例如半乳糖、乳酸、小肽链和氨基酸。
酸奶中的脂肪含量通常是3%到5%。发酵后，酸奶中的脂肪酸会比原料奶增加两倍。这些变化使酸奶更易于消化和吸收，提高了各种营养素的利用率。酸奶是通过纯牛奶发酵制成的，除了保留了鲜牛奶的所有营养成分外，发酵过程中的乳酸菌还会产生人体所需的多种维生素，例如维生素B1、维生素B2、维生素B6和维生素B12。
对于乳糖不耐受的人群来说，食用酸奶也不会导致腹胀、气多或腹泻等现象。鲜奶中含有丰富的钙，而经过发酵后，钙等矿物质并不会发生变化，但发酵过程中产生的乳酸可以有效提高钙和磷在人体中的利用率，因此人体更容易吸收酸奶中的钙和磷。
酸奶也是钙的良好来源。尽管酸奶的营养成分取决于原料奶的来源和成分，但一般来说，酸奶的成分要比原料奶更加丰富。一方面，这是因为对原料质量有较高的要求，另一方面，有些酸奶制作过程中会加入少量奶粉。所以通常来说，饮用150克酸奶可以满足10岁以下儿童所需钙量的1/3和成人钙量的1/5。