甲钴胺最大的副作用之一是过敏反应。个别人群对甲钴胺可能出现过敏反应，表现为皮疹、呼吸困难、喉头水肿等症状。如果出现过敏反应，应立即停止使用甲钴胺并就医。
长期或过量使用甲钴胺也可能导致神经系统问题。甲钴胺在治疗神经系统疾病时通常需要较高剂量，但长期高剂量使用可能引起神经系统功能紊乱，表现为神经痛、感觉异常、肌肉无力等症状。
另外，甲钴胺的过量摄入还可能对消化系统产生不良影响。长期服用过多的甲钴胺可能导致消化不良、腹泻、胃部不适等消化系统问题，影响身体的正常生理功能。
甲钴胺在某些情况下还可能影响心血管系统。过量摄入甲钴胺或存在心血管疾病的患者可能出现心悸、血压升高等心血管系统反应，需密切关注。
总的来说，虽然甲钴胺在治疗贫血和神经系统疾病中有其独特疗效，但在使用过程中要遵医嘱，避免长期或过量使用，以减少可能的副作用对身体的影响。在使用过程中如出现异常反应，应及时就医并咨询医生建议。